Environment modules
La commande module permet de lister et d'utiliser simplement les logiciels, librairies ou utilitaires installés sur le cluster.
Pour lister l'ensemble des modules existants, il faut utiliser la commande :
module avail
Si un module vous semble manquant, n'hésitez pas à nous le faire savoir.
Pour charger un module, la commande est :
module load vasp/5.4.1/vasp
Cette commande charge l'ensemble de l'environnement nécessaire à l'exécution du code VASP, compilateurs inclus.
Pour lister les modules chargés dans votre terminal ou un script :
module list
Pour décharger un module chargé dans votre terminal ou un script :
module unload vasp/5.4.1/vasp
Cette commande va décharger l'ensemble des modules chargés par le module vasp/5.4.1/vasp, compilateurs inclus.
Pour décharger tous les modules chargés dans votre terminal ou un script :
module purge
Enfin, certains modules peuvent avoir des greffons (bibliothèques supplémentaires). Pour avoir des informations sur les bibliothèques supplémentaires installées dans un module, il faut utiliser la commande module help :
module help anaconda3/2018.12
Modules supplémentaires
Certaines communautés scientifiques nécessitent d'un nombre d'outils très important. Pour ne pas surcharger la liste des modules disponibles, nous les avons séparés des modules communs.
Il faut donc réaliser une opération spécifique avant de pouvoir les utiliser.
Modules de biologie, santé et bio-informatique
Pour activer les modules de biologie, santé et bio-informatique, ajoutez les lignes suivantes à la fin de votre fichier ~/.bashrc :
# Include biology modules
export MODULEPATH="/share/biology/modules/applications:/share/biology/modules/libraries:/share/biology/modules/tools:$MODULEPATH"